L’8 settembre 1938 viene arrestato a Trieste mentre si reca in questura per il rinnovo del passaporto: il suo arresto è al centro di una violenta campagna di stampa antisemita sul cliché dell’ebreo ricco e antifascista nel pieno del varo delle leggi razziali. Condannato a cinque anni di confino sull’isola di Ventotene, vi arriva il 5 gennaio 1939 entrando in contatto con numerosi antifascisti, tra cui Altiero Spinelli e Ernesto Rossi che arriveranno qualche mese dopo. Con questi e con la moglie inizia la riflessione sulla nascita di una futura Europa unita e federale come unico strumento per un effettivo rinnovamento della politica, che porta all’elaborazione del Manifesto di Ventotene, documento fondamentale dell’Europeismo federalista. Nel 1941 viene trasferito in confino a Melfi e il 6 maggio 1943, approfittando di un controllo medico a Potenza, si dà alla clandestinità. A Roma si impegna nella Resistenza, con il nome di battaglia di Angelo, lavorando alla formazione della prima Brigata Matteotti, alla ricostituzione della Federazione giovanile socialista, alla redazione dell’Avanti!. Opera inoltre per consolidare il gruppo federalista e diffonderne il progetto nei partiti in ricostituzione: fa stampare clandestinamente nella capitale la prima edizione del Manifesto di Ventotene e il 27-28 agosto partecipa al convegno clandestino a Milano che porta alla nascita del Movimento federalista europeo. Il 28 maggio 1944, pochi giorni prima della liberazione di Roma, mentre si reca ad una riunione viene assassinato da un gruppo di appartenenti alla famigerata Banda Koch; muore in ospedale sotto falso nome il 30 maggio.  È sepolto nel Cimitero ebraico di Milano, nel 1946 gli è conferita la medaglia d’oro al valor militare; i suoi scritti sono stati pubblicati per la prima volta, con prefazione di Norberto Bobbio, nel 1975; una nuova edizione arricchita con il titolo La malattia della metafisica a cura di Geri Cerchiai è pubblicata presso Einaudi nel 2009 per il centenario della nascita.